John Locke est sans contredit le théoricien de la Glorieuse Révolution. Sa lutte contre l'absolutisme royal et pour la tolérance religieuse est partout présente, dans sa vie politique comme dans ses oeuvres philosophiques. Pour lui, 1) les pouvoirs des gouvernements doivent être tempérés par les droits du peuple et 2) les prétentions de l'Église et l'enthousiasme des hommes doivent être modérés par une pensée rationnelle et sceptique.

À plus d'un titre, la Lettre sur la Tolérance qu'il écrit en 1689 doit être considérée comme une réponse aux aspirations anglaises à la paix religieuse. Selon Locke, on doit accorder à chacun la liberté d'exercer le culte de son choix et de discuter sans contrainte de tous les sujets théologiques et philosophiques, à condition de ne pas exercer de pressions sur autrui et de ne pas attenter aux droits de tous. Toutefois, cette liberté ne s'applique ni aux catholiques, car ils sont soumis à une autorité étrangère (celle du pape) ni aux athées, car leur parole ne saurait faire foi en justice puisque selon le raisonnement de Grotius, le droit, pour être valable, demande un fondement absolu (Dieu).

En 1690, Locke écrit ses Traités du gouvernement civil dans lesquels il explique sa "véritable origine, son étendue et sa fin". À l'état de nature, les hommes sont libres, égaux et gouvernés par une loi de raison qui "enseigne à toute l'humanité, pour peu qu'elle l'a consultée, que, tous étant égaux et indépendants, personne ne doit porter dommage à autrui dans sa vie, sa santé, sa liberté, ses possessions". De plus, tous les biens appartiennent à tous les hommes et l'homme, étant propriétaire de sa propre personne, peut acquérir le fruit de son travail et en faire sa propriété privée. Mais à l'état de nature, chacun fait tout pour préserver sa personne, chacun est juge et se fait justice soi-même. Alors, le pouvoir politique devient le remède à cette subjectivité dans l'application de la loi naturelle.

L'état social n'est donc pas naturel, car il naît d'un pacte social résultant d'un accord entre des individus qui s'unissent pour employer leur force collective à faire exécuter ces lois naturelles, tout en renonçant à les faire exécuter par eux-mêmes. Pour Locke, le contrat social est le seul fondement légitime du pouvoir politique qui permet d'éviter la guerre et de sauvegarder la propriété privée.

Ce qui forme une communauté, et tire les gens de la liberté de l'état de nature, afin qu'ils composent une société politique, c'est le consentement que chacun donne pour s'incorporer et agir avec les autres comme un seul et même corps, et former un État distinct et séparé.

[...] l'essence et l'union d'une société consistant à n'avoir qu'une même volonté et qu'un même esprit, le pouvoir législatif a été établi par le plus grand nombre, pour être l'interprète et comme le gardien de cette volonté et de cet esprit. L'établissement du pouvoir législatif est le premier et fondamental acte de la société, par lequel on a pourvu à la continuation de l'union de tous les membres, sous la direction de certaines personnes, et des lois faites par ces personnes que le peuple a revêtues d'autorité, mais de cette autorité, sans laquelle qui que ce soit n'a droit de faire des lois et de les proposer à observer.

John Locke, Second traité du gouvernement civil, chap. XIX, 1690.

Locke affirme que le pouvoir législatif est la pierre angulaire sur laquelle repose toute autorité politique. Il est "l'âme qui donne forme, vie et unité à l'État". Le pouvoir législatif doit exprimer en fonction du contrat social la loi naturelle et constamment rechercher le bien public. Quant au pouvoir exécutif, c'est un "pouvoir confié au prince pour qu'il pourvoie au bien public dans les cas qui relèvent de circonstances imprévues et indéterminées et qu'on ne peut de ce fait régler sûrement par des lois fixes et immuables". Les deux pouvoirs ne doivent pas être dans les mêmes mains, car c'est là la cause de tout absolutisme.

Il y a droit d'insurrection du peuple si, par exemple, le souverain ne respecte pas les droits naturels des constituants tels que la liberté individuelle ou encore la propriété privée. Toutefois, peu importe les circonstances, le droit d'insurrection n'a pour but que le rétablissement de l'ordre, c'est-à-dire que de faire respecter la légalité.

Quand un homme ou plusieurs entreprennent de faire des lois, quoiqu'ils n'aient reçu du peuple aucune commission pour cela, ils font des lois sans autorité, des lois par conséquent auxquelles le peuple n'est point tenu d'obéir ; au contraire, une semblable entreprise rompt tous les liens de la sujétion et de la dépendance, s'il y en avait auparavant, et fait qu'on est en droit d'établir une nouvelle puissance législative, comme on trouve à propos ; et qu'on peut, avec une liberté entière, résister à ceux qui, sans autorité, veulent imposer un joug fâcheux, et assujettir à des choses contraires aux lois et à l'avantage de l'État.

John Locke, Second traité du gouvernement civil, chap. XIX, 1690.

Tout gouvernement civil doit avoir comme fin nécessaire la paix, la sécurité, la prospérité du peuple.