Si la chimie moderne commence à l'époque de Lavoisier, si l'analyse alias l'algèbre, est déjà bien établie au XVIIe siècle, on ne peut cependant pas inférer de leur exemple l'état d'avancement des autres sciences : de l'une à l'autre, en effet, les développements ont été inégaux.

Ainsi la biologie, proprement dite, ne naîtra qu'avec le XIXe siècle; il n'existe pas, jusqu'à la toute fin du XVIIIe siècle, de savoir unifié de la vie, ni même ce que l'on pourrait couvrir sous le terme de physiologie.

Ce que nous entendons par ce champ d'études relève alors de "l'économie animale". En lieu et place, se dessinent des configurations de savoirs autres; on pourrait à la rigueur les associer à la médecine ou encore les faire dériver des pratiques variées de collections. Le bizarre, voire le monstrueux, y voisinent la série organisée.

Les conceptions de la vie sont pourtant en plein renouvellement sous l'impulsion des coups de boutoir philosophiques aussi bien que des progrès techniques comme l'invention du microscope, par exemple, et les perfectionnements qu'on y apporte.

Le matérialisme du XVIIIe siècle : l'héritage du XVIIe siècle

S'il est une métaphore qui oriente la pensée à cette époque, c'est bien celle de la machine, à tel point que même les animaux sont conçus comme de simples machines.

Le mécanisme cartésien, solidaire d'une métaphysique de la dualité réelle des substances, distingue l'âme (ou l'esprit) et le corps (ou la matière) réduit à l'étendue et au mouvement; il fait du corps une machinerie où l'on ne sait plus trop bien si ce sont les esprits animaux ou l'enchaînement mécanique qui le gouverne.

À travers ce mécanisme géométrique court une veine matérialiste que recueillera au XVIIIe sicle un La Mettrie, par exemple, mais au moment cartésien, il passe, comme le requiert le philosophe, par une naturalisation des lois de la physique : "en sorte que toutes choses qui sont artificielles, sont avec cela naturelles".

La théorie de l'animal-machine inspire des réussites pratiques : ainsi en va-t-il, au début du XVIIIe siècle, des automates fascinants mis au point par l'ingénieur mécanicien Jacques de Vaucanson (1709-1782).

Le mécanisme inspire aussi un ouvrage théorique, L'homme machine (1748) du médecin et philosophe Julien Offray de La Mettrie. Affirmant un monisme matérialiste résolu qui se double d'une démarche empiriste, expressément anti-métaphysicienne, "Monsieur Machine", comme La Mettrie se dénommera lui-même, reprend, pour la retourner polémiquement, la doctrine cartésienne des animaux-machines; celle-ci établissait précisément l'absence de pensée chez les bêtes. La Mettrie applique le paradigme "machinique" à l'homme tout entier comme s'il en tirait la conclusion ultime.

L'analogie mécanique est présente dans tout l'ouvrage pour insister sur l'automouvement du corps, mais elle demeure au service de l'idée de complexité et commande une méthode d'investigation exploitant les ressources de l'observation médicale et de la physiologie.

Le corps humain est une machine qui monte elle-même ses ressorts; vivante image du mouvement perpétuel [...] tout dépend de la manière dont notre machine est montée.

Le corps humain est une horloge, mais immense, et construite avec tant d'artifice et d'habileté, que si la roue qui sert à marquer les secondes vient à s'arrêter, celle des minutes tourne et va toujours son train.

Concluons donc hardiment que l'homme est une machine.

La Mettrie

Le vitalisme aux XVIIe et XVIIIe siècles

En parallèle, et comme dans le creux laissé par le mécanisme qui, à part l'imitation, propose peu de stratégies de connaissance du vivant, se développent des voies autres, descriptives ou expérimentales, pariant sur la spécificité de la vie, associées pour la plupart à ce qu'on appelle le vitalisme.

Le vitalisme, soutenu par l'école dite de Montpellier, a été exposé par Paul-Joseph Barthez de la même Faculté en 1775 (Nouveaux éléments de la science de l'homme). La doctrine que l'on appelle ainsi consiste à supposer "un principe vital" distinct de la matière et qui l'anime. Le "principe vital" existe en chaque individu; distinct à la fois de l'âme pensante et des propriétés physico-chimiques du corps, il gouverne les phénomènes de la vie.

Diderot, en matérialiste convaincu, et qui, à la suite de Buffon, voyait dans la vie une propriété physique de la matière, a critiqué sans ambages le vitalisme. Dans ses éléments de physiologie où il lit, plume à la main, l'ouvrage du même nom de Albrecht von Haller (1708-1777), le plus grand professeur de biologie de son temps, et dans Le Rève de d'Alembert (1769), Diderot dénonce les thèses vitalistes où il voit percer une sorte d'animisme apparenté à l'hylozoïsme des stoïciens antiques; ce qui permettrait alors toutes les interprétations de type créationniste auxquelles son matérialisme expérimental, et celui de d'Holbach, plus systématisé, sont opposées.

En ce sens le vitalisme comprend l'animisme comme une de ses espèces, ou comme un complément qu'il appelle. Plus particulièrement, l'animisme, qui soutient qu'une seule et même âme est en même temps principe de la pensée et de la vie organique, se dit à l'époque de la doctrine de Georg Ernst Stahl (1660-1734), médecin et chimiste allemand. Stahl développa en chimie la théorie du phlogistique, celle-là même que critiqua Lavoisier comme nous venons de le voir, et, qui, dans sa Theoria medica vera (1707), élabore un système physiologico-médical consistant à faire de l'âme le principe des phénomènes biologiques normaux ou pathologiques.

Certains de ces vitalistes s'apparentent aux newtoniens qui refusent les théories métaphysiques sur ce qu'est la vie. Leur réserve, ou leur prudence théorique, les distinguent ainsi des animistes. C'est dans ce contexte que Thomas Willis, en faisant appel dans son De motu musculari (1670) à un second type de réponse, oumouvement involontaire ou naturel, au concept de réflexe, donc, et, plus tard, le médecin écossais Robert Whytt (1714-1766), auteur de l'Essai sur le mouvement vital (1751), qui étudie la réalité du réflexe, apparaissent comme les précurseurs de l'étude des réflexes. Le concept ne deviendra fait qu'au XIXe siècle avec les travaux qui se développent, à ce moment, à la suite de l'Idéologie physiologiste et médicale.

En somme, les découvertes n'apparaissent pas nécessairement là où la seule déduction les attendait, le mécanisme, en tous cas, n'étant pas le terreau idéal pour l'analyse du mouvement réflexe.